日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生,某日,她偶然通过家中神社的枯井来到了()500年前的战国时代。时狼烟四起(),妖怪横行,世间大地生灵涂炭()。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前,意欲变成真正妖怪的犬夜叉,为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处,两()人之间产生了感情。犬夜叉()因此希望变成人类,而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回()普通人()的生活()。然而,对桔()梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给()妖怪,继而转生变成邪恶的半妖()奈落。在他的一番挑拨下,犬夜叉被桔梗封印在神木之上,重伤的()桔梗也在悲伤绝望中死去。
()桔梗转生的戈薇解救了犬夜叉,却不慎将()四魂之玉射成碎片。为了找回碎片,她和犬夜叉以及随后遇到的伙()伴:()七宝、弥勒、珊瑚踏上了充满艰难险阻的旅途……